水中有機質的主要來源為未被攝食的餌料及池中魚蝦的糞便等，包括碳水化合物、蛋白質及脂肪等，還有其他複雜的有機物，與無機化合物‒氨及亞硝酸不同。
所稱的枯草桿菌事實上有許多亞種，並不是每個亞種都具有分解水中有機物的能力，而且分解能力也有強弱之分。目前市面上已有相當多水產養殖用之益生菌產品，宣稱可強力分解水中氨、亞硝酸與殘餌等有機物，有效的應用此類產品，應該可以改善水質及底質，提升養殖成效。不過因為此類產品大部份沒有實際應用於養殖現場，到底哪一種效果比較好？目前似乎還沒有定論。
培養絮團養殖水體中之菌相時，盡量維持絮團中優勢菌種的較佳生長條件，並定期加入優勢菌，應該比較能夠維持絮團中菌相之穩定。