有關魚塭水質問題敘述並不很明確，很難據以找出問題之癥結，不過應該和底質逐漸優養化有關。池塘養殖一段時間後，平時的殘餌會溶於水中後沉澱到池底，另外動、植物性浮游生物之殘骸，魚體死亡或魚類排泄物等最後也都會沉積到池底，這些有機物質累積到一定的量，會是水質惡化的來源，也會成為寄生蟲及細菌的溫床，同時有機物也會消耗水中的氧氣，產生硫化氫等有害物質，使水中的溶氧量逐漸減少，此種情況在夏天高水溫期最常發生，另外有機物質如果過量很容易產生不良的藍綠藻及絲藻，是造成魚肉有臭土味的原因之一，這些藻類死亡後又變成有機物質，形成惡性循環，對池中養殖魚類造成嚴重的危害。所以養殖池在每次收成後或放養新魚苗前均要徹底清除池底污泥，並利用陽光充分曝曬，使有機物質氧化，以利往後的養殖。
池塘消毒可以預防疾病及寄生蟲發生，陽光曝曬是最佳的消毒方法，其他較常使用的藥劑為生石灰和漂白水。生石灰可殺死寄生蟲及寄生蟲的中間宿主 (螺類、貝類等)、昆蟲、無脊椎動物等。施用方法為在池水排放至5－10 cm左右，每公頃約使用300－500 kg，當生石灰與池水混合時，因強鹼會產生高溫，此時pH值如提昇到10以上即可殺死大部分水中生物。另外是使用漂白水，一般次氯酸鈉有效濃度在12%之漂白水，每公頃約使用300－600公升浸泡，即足以殺滅有害的病菌及生物，施用時避免強光，在黃昏或傍晚投藥效果較好。