目前產業界石斑魚的室內育苗方式依水色可分為清水式及肥水式育苗法。清水式是指利用砂濾水或經消毒處理過的自然海水直接育苗，培育池內不接種藻類，完全依靠投餵人工餌料來滿足魚苗生長、發育所需的營養。肥水育苗法是指在室外育苗池施肥，培養藻類及益生菌或於室內育苗池注入預先培養之藻水，以安定魚苗並補充輪蟲等餌料生物營養，肥水育苗中藻菌類能吸收有害生物的代謝產物、淨化水質、調節水環境的生態平衡。肥水之做水方式可歸類為：
1. 人工餌料
沿用蝦苗育苗法，做水基質為黑粒粉、蝦片等，此法於育苗中後期易發生水質惡化現象。
2. 綠藻水
育苗前先於室外池以化學肥料 (硫銨、過磷酸鈣、尿素等) 大量培養微球藻等單胞藻類，再適時適量補充至室內育苗池。
3. 益生菌
除了藻水外，添加益生菌亦為肥水做水方法之一，其培養基質依各菌種而異。本所主要以光合成菌作為標的菌，因其同時具有穩定水質及供應養分等功能。目前以魚溶漿為光合成菌的主要培養基，濃度為200－500 g/噸水。於石斑魚育苗過程中，建議每週添加2次菌液 (106-8 cell/mL)，每次50－100 ppm。