光合菌繁衍快速，當藻水池施肥後，每噸水 (立方公尺) 加入約3－5㏄的光合菌即可。蜆池每星期每分地使用2－3 ppm (約1分地1尺水深用1公升)。
藻水池經施肥，2－4天內後光合菌等會大量出現 (如果藻水池施肥量太多，天數自然延長)，經過約5－10天，綠藻、矽藻正常大量繁衍，不受光合菌增生的影響而減少。
適量沸石粉能促進土壤的離子交換，提高土壤保持氮、鉀和鈣等養分的能力，利於藻類的滋生。蜆池藻水之透明度越低，pH值就相對越高，所以藻水之透明度，白天盡量保持在35 cm以下，傍晚及入夜則盡量維持高度透明。
光合菌可以於桶中培養增殖後再施放，引用相關資料敘述如下：
光合細菌 (Photosynthetic bacteria，簡稱PSB) 是廣泛分布於水田、河川、海洋和土壤中的一大類細菌，為革蘭氏陰性細菌。在厭氣環境下可利用光能進行光合作用，以H2S和有機物作為供氫體，以CO2或有機物作為碳源。在不同的環境條件下，也可能有多樣的異營功能 (固氮、脫氮、固碳、氧化硫化物等)，在自淨過程中，扮演不同的角色。
培養方式：目前在水產養殖上應用的光合細菌，主要是光合異營型紅螺菌科，其中以紅假單胞菌屬 (Rhodopseudomonas) 為主。養殖方法有全封閉的厭氣光照培養方式以及開放式的微氣光照培養方式。
1. 全封閉式的厭氣光照培養
採用無色透光的容器，消毒後裝入培養液，接入20－50%的菌種母液，將容器中灌滿培養液，加蓋造成厭氣的培養環境。置於有陽光的地方或用人工光源進行培養，達到指數生長期高峰時，可作為菌種器液接種。
2. 開放式微氣光照培養
可採用100－200 L容量的的塑膠桶或500 L容量的豐年蝦孵化桶為培養容器。在底部裝打氣石，培養時微充氣，使桶內光合細菌上下緩緩翻動。在桶的正上方約30 cm左右加裝人工光源，使液面照度達2,000 Lux。容器消毒後裝入培養液，接入20－50%的菌種母液，照明，微充氣培養。
3. 培養基
對培養光合自營型細菌，一般用無機鹽為基礎培養基，加入適量的碳酸氫鹽作為二氧化碳的來源，用磷酸調整pH 7.0－8.0，然後加入0.05－0.1%的Na2S．9H2O作為電子供體和供氫體，在光照厭氣環境，20－30℃培養。培養光合異營型的細菌則需在無機鹽培養基中再加入0.2%酵母膏、0.25%乙酸鈉、0.02%丙酸鈉和5%NaHCO3，調整其pH至7.0－8.0，根據環境需求而定。
黑殼的台灣蜆即使水質改善也不會再回復正常，池底所堆積的排泄物、污泥等有機物，經由底泥中之微生物分解而產生硫化氫等物質，硫化氫立即與底泥中鐵質反應產生黑色硫化鐵，此時蜆正好處於該反應的底泥中，殼表即容易被染上黑色，造成黑殼化現象。嚴重時殼表外層會脫落，露出白色殼骨架，俗稱「臭頭」現象。要改善蜆黑殼化，必須先改良池底，減少硫化氫之產生，定期 (1－2個月) 實施清池、分養、整池工作。