魚類身上偶而會有線蟲寄生，但煮熟後都是對人體無害，如仍有疑慮，則在殺魚時去除鰓部和消化道，魚頭的部分也務必煮熟，便可有效去除寄生蟲。
依據黃文彬教授的研究報告指出，秋刀魚魚體外部上常被一種小型甲殼類動物寄生，且水溫較高時此現象會較多，但一般在進入船艙冷凍階段時會自行脫落，最後在魚體表皮會形成直徑約4－5 mm的圓形或橢圓形洞痕。此種情形，則不是線蟲感染。
另外，秋刀魚的主要食物是一種紅色的橈足類，其為一種小型的甲殼類，有時剖開魚腹看到一堆紅紅的小東西，也可能是該種橈足類，煮熟後仍會呈紅色 (線蟲煮熟後會變成白色)，其帶有特殊風味，也是秋刀魚肚苦甘苦甘味道的來源。
參考文獻：黃文彬、黃郁淳 (2011) 寄生性橈足類Caligus macarovi感染西北太平洋秋刀魚之研究。台灣生物多樣性研究，13(2): 153-165。