池水的透明度主要受水中浮游生物量的影響，高密度的浮生物量除了降低透明度外，亦會影響池水溶氧量及pH值的日變化幅度。通常池水中含有足夠溶氧量的最大深度約為透明度 (深度) 的2－3倍，在更深的地方則會有溶氧不足的問題。透明度在養殖過程會隨著養殖時間增加而降低，在養殖前期透明度為50－60 cm，至養殖後期約25－30 cm，養殖期間需要適當的水色，可以安定養殖生物減少殘食，透明度約在30 cm為最佳，低於20 cm則不利於養殖。
浮游生物 (藻類) 濃度的上升，主要出現在養殖中後期階段，因為養殖期間大量的殘餌及養殖生物排泄物的累積，使水中有機質含量增加，相對的會使浮游生物及藻類大量繁生，此時的水質較不易控制。特別是在水色過濃，浮游生物 (藻類) 大量繁生時，pH值也會跟著提高，可以採換水及循環水處理，其次才添加適當的殺草劑或腐植酸鈉等方式來降低浮游生物 (藻類) 量及穩定pH值，池中如有養殖生物，在使用上需更加注意。在收成後，需徹底整池、翻池及曬池，改善底土，放養期間的水質才會更為穩定。