光合菌及硝化菌在養殖上都有淨化水質的功能，可以配合使用。
一般抽用的地下水水質都有氨氮(NH4/NH3) 及亞硝酸 (NO2-) 過高的疑慮，需經過一段較長時間的曝氣才能改善，時間長短需視養殖池底底質及生物菌相而定，時間從2週至1個月不等，如底質不佳，所需時間則更長。
氨氮及亞硝酸間是經由氮循環作轉換，養殖初期不建議使用水質改善劑，因為此方法只能短時穩定水質，對長時間的養殖而言，仍需由曝氣分解等自淨作用後才能達水質穩定的效果。
光合菌及硝化菌等益生菌皆需經一段時間定時的添加培養，使益生菌在養殖池或養殖系統中成為優勢菌相，進而達到淨化穩定水質的功能，非短時間改善水質之用，使用方式及添加量需視養殖池水體量及養殖環境池底底質搭配使用。