養殖池經過長年累月的使用後，養殖環境容易惡化，放養密度過高、投餵飼料過量及生物排泄物等有機物累積在池底，都會導致水質惡化，病原菌叢生，使魚蝦遭受緊迫或因而罹病；當魚蝦感染疾病時，業者以往多半使用抗生素及其他化學藥物治療，然而抗生素及化學藥物使用過量易發生殘留，污染環境及危害人體健康，目前有相當多的研究報告顯示，適當的使用益生菌對於改善養殖環境、提升水產生物的養殖成效及疾病的預防具有良好效果。
目前應用在水產養殖的主要益生菌包括硝化菌、光合菌、枯草桿菌、乳酸菌及酵母菌等。硝化菌、光合菌及枯草桿菌有助於分解池中養殖生物之排泄物、池底有機物質、抑制病原菌及改善魚蝦生存環境。而乳酸菌及酵母菌主要添加於水產生物的飼料中，提高魚蝦的抗病力。
有關您擬研習益生菌應用於水產養殖的相關知識及技術，目前學校方面有海洋大學及高雄海洋科技大學的水產養殖系。另，本所目前有3個單位的研究人員正在進行益生菌應用於水產養殖的相關研究，包括：
1、基隆總所水產養殖組 黃美瑩小姐 (02)24622101
2、淡水繁養殖研究中心 黃世鈴博士 (04)7772175
3、海水繁養殖研究中心 吳育甄小姐 (06)7880461