魚菜共生系統具省水及資源循環再利用的特點，為近年來備受矚目而多方探討的議題。魚菜共生系統設施由養殖槽、沉澱槽、生物過濾床及水耕植栽床等串聯而成，以結合水產動物、微生物及植物三者間的互利共生為主軸。養殖槽搭配不同的水耕栽種模式，大略可分為深水式、介質式及薄膜式等三大類。養殖及植栽作物種類之選擇，需考量系統的大小、設施架構、建置位置環境、季節性及生物特性等因素。為持續穩定運作魚菜共生系統，需對養殖動物、生物菌床和植栽作物有妥善的管理，尤其是水質管理極為重要，並投餵養殖動物適性適量的飼料，注意養殖動物及植栽是否發生疾病並及時處理，以提供生物合適的環境條件，達到有效益的生產。