農業部組織法經立法院三讀通過，行政院農業委員會於本(2023)年8月1日改制為農業部，轄下所屬機關一併同時升格。本所因應此次改組，更名為農業部水產試驗所，並於8月10日上午在基隆總所舉行揭牌典禮。
本所於8月10日上午在基隆總所舉行揭牌典禮，正式邁向新里程
是日上午首先於七樓國際會議廳舉行葉信明副所長、曾振德主任秘書以及各組組長與各研究中心主任等簡任主管的宣誓布達儀式，由農業部陳添壽次長擔任監誓人，與會見證的貴賓包括農業部陳瑞榮副司長、張孝仁簡任技正、洪俊凱秘書、漁業署王正芳副署長、國立臺灣海洋大學李明安副校長、冉繁華副校長、國立海洋科技博物館林青海副館長、中華民國全國漁會田士金秘書、基隆區漁會簡建輝理事長、游日興常務監事、陳文欽總幹事、基隆市政府產業發展處鄭永陽副處長、臺灣國際造船股份有限公司基隆廠施炎輝廠長、吳志清總幹事、機關所在地平寮里蔡淑貞里長以及本所陳君如前所長與職場互助教保服務中心阮錦芬主任等產官學研與在地人士代表。簡單隆重的典禮完成後，接著前往研究大樓正門舉行揭牌儀式，由陳次長、張所長協同10位貴賓，一起揭開本所升格農業部的帷幕，代表本所就此邁向新的里程碑。
簡任主管的宣示布達儀式
本所長官、同仁及與會貴賓於揭牌完成後合影留念
本所創立於1929年，迄今已有94年歷史。前身為「臺灣總督府水產試驗場」，1941年改稱「臺灣總督府水產試驗所」，1945年更名為「臺灣省水產試驗所」，直屬臺灣省行政長官公署；1947年改隸臺灣省政府；1948年改屬臺灣農林公司水產分公司；翌（1949）年改隸臺灣省政府農林廳；1999年因省政府虛級化，改隸行政院農業委員會，本(2023)年8月1日因應政府組織改造，更名為農業部水產試驗所。本所升格後的組織編制仍然延續四個組與六個研究中心的架構，惟配合業務內容，有些單位的名稱做了更動，總所方面，原企劃資訊組改稱技術服務組；分布於全國各地的六個研究中心則分別更名為淡水養殖、海水養殖、沿近海漁業生物、東港養殖、東部漁業生物以及澎湖漁業生物研究中心。
近幾年來，受到過度撈捕、棲地破壞、污染及入侵種干擾等各種因素的影響，魚源日漸減少，加上COVID-19疫情衝擊、全球氣候變遷、極端氣候發生頻度與強度增加以及國際市場高度自由化以致競爭日趨劇烈的態勢下，漁業的發展陷入瓶頸，而且可以預期，未來所面臨的考驗只會更趨嚴峻，必須妥為因應。本所此次的升格改制，不僅只是機關名稱的改變，更要呼應全民的期待，在漁業科技方面不斷力求突破創新，充分運用同時擁有漁撈、養殖、加工優質研究人力與具備試驗船、種原庫、GMO隔離試驗場等研究設施，以及可供進行試驗的廣大場域等各項優勢，並立基於多年來累積的科技能量，擘劃面對國際情勢與全球環境急遽變動的挑戰下，臺灣水產業的整體發展策略。
張所長致詞時特別引用蔡英文總統在農業部揭牌時，由賴清德副總統轉達的三項囑咐，勉勵全體同仁：第一要永遠做農漁民的靠山，針對產業面臨的瓶頸，提出有效的科技解方，不斷的協助漁民解決問題；第二農為國本，惟有本固邦方能寧，亦即農業與教育、國防等具有同等的重要性，我們要以身為農業部的一份子為榮，也要體認到未來所要承擔的重責大任，必須持續透過研發來強化產業競爭力，與農漁民攜手面對氣候變遷、智慧化轉型等各項挑戰；第三立部厚生，農業部存在目的是要滿足兩千三百五十萬國人的糧食需求，水試所是臺灣水產核心研發機構，肩負積極推動水產基礎與先趨性技術研發任務，而最終目的就是要確保我國水產資源的永續利用與持續提供國人優質、健康、安全的水產品，並保障農漁民的生計與福祉，這就是蔡總統所謂的「厚生」，是我們必須念茲在茲的使命以及必須努力達成的願景。張所長強調，本所升格後雖然組織架構變異不大，但並不代表我們可以埋首於舒適圈不求進步。水試所今後是隸屬於中央的國家水產研究機構，是我國水產國際交流的重要對口單位，同仁們要以此為榮，也應深入思考如何透過國際合作拓展臺灣的漁業版圖。最後，張所長以「腳踏實地、前瞻思維」與所有同仁共勉，期許大家莫忘初心，持續勤耕池海，各項研發工作在延續中力求創新與整合，秉持務實紮根的原則、全心投入的態度，打造全方位的水產研究，並以國際宏觀的角度，與世界潮流接軌，戮力促使本所成為一個解決問題、創造話題、引領議題的獨特研發機構，並加速建構兼顧生態、生產、生活，強化品種、品質、品牌以及講求效率、健康、安全的現代化智慧漁業，為漁民朋友的福祉與相關產業的創新升級與永續發展提供最強大的助力。