本所為支持國家能源政策，結合傳統水產養殖與新興綠能，並逐步完成全國前十大養殖物種的漁電共生模擬試驗。今為加速臺灣漁電共生技術之研發與推廣，於本所位於臺南市七股區的海水繁養殖研究中心（以下稱海水中心）以及雲林縣臺西鄉的海水中心臺西試驗場分別成立了漁電共生試驗育成基地，提供進駐業者集中測試養殖與綠能整合系統之成效與管理模式，並由本所研究人員從旁協助輔導，期能加速整合技術的開發。其中，臺西基地已於111年度完工，進駐業者依規劃進行養殖作業，綠能設施也同步併聯送電。
111年11月15日，本所與財團法人農業科技研究院於臺西試驗場辦理「漁電共生試驗育成基地併聯啟用暨專家顧問團授旗典禮」，特以實體成果發表會展示初步成果，盼藉由各界的現場交流，達到漁電共生效益擴散的目標。與會貴賓包括行政院農業委員會陳吉仲主委、經濟部能源局游振偉局長、立法院劉建國委員、國立臺灣海洋大學冉繁華副校長、國立嘉義大學陳哲俊專案副研究員以及漁業署、養殖相關團體 (中華民國養殖漁業發展協會、中華民國水產種苗協會、雲林縣養殖漁業發展協會及嘉義縣養殖漁業發展協會)、縣市政府 (雲林縣、嘉義縣、臺南市、高雄市及屏東縣)、光電公協會 (太陽光電產業永續發展協會、太陽光電產業協會、太陽光電發電系統同業公會及SEMI太陽光電委員會) 與台灣電力公司等產官學人士。
漁電共生育成基地於本所臺南七股與雲林臺西的試驗場域規劃總面積廣達20公頃，自108年正式開放企業申請，目前已有10家業者申請進駐，促成投資金額達新臺幣5.5億元，養殖物種包括白蝦、金鯧、烏魚、午仔魚、龍膽石斑與文蛤等魚蝦貝類。業者以浮動型及立柱型漁電共生養殖型態為主，光電板裝置總容量約10.08 MW（百萬瓦），預期每年產生1,236萬度電，減少約6,290噸碳排量，相當於16座大安森林公園的碳吸存量。
本所設立漁電共生試驗育成基地是全臺首創，此基地的規劃及制度面建立係參考農委會農業生物科技園區、科技部科學園區及大專院校育成中心設置管理等相關辦法，未來二十年的長期管理營運對於本所而言更是全新挑戰。臺灣是亞洲水產養殖研究重鎮，相信育成基地實驗成果的累積，對於有意建置漁電共生生產場域的企業、能源業者或政府相關單位，極具參考價值。本所將接續將基地擴展至臺東知本、彰化鹿港及澎湖馬公等地，研發適合當地環境的漁電共生技術，期能在環境永續的前提下，達成水產養殖與能源產業併進之雙贏目標。本於「養殖為本，綠能加值」的精神，後續亦將積極爭取經費挹助，以穩健支持育成基地的長期營運，落實查核與輔導機制，並長期追蹤評估對養殖生物的產量、品質與環境之影響以及分析其經濟成效，以供社會大眾及養殖戶更加入了解漁電共生產業模式所帶來的各項效益。
農業委員會陳吉仲主委對本所配合能源轉型政策，設立具有示範作用的的漁電共生基地，協助突破漁電共生遭遇之問題表達嘉勉
本所陳君如所長表示未來將以臺西育成基地作為漁電共構先驅據點，陸續擴展至臺南七股、臺東知本、彰化鹿港及澎湖馬公等地
立法院劉建國委員指出雲林是臺灣漁業大縣，臺西育成基地可供開發漁電共生的業界參考
經濟部能源局長游振偉對臺西漁電共生示範基地的啟用表示肯定
臺西基地完工啟用
臺西基地併聯啟用與技術服務團授旗儀式