本所澎湖海洋生物研究中心附屬水族館(以下簡稱澎湖水族館)於106年4月23日簽約委外經營，經過長達2年、耗資4000萬元投入整修後，在今(108)年4月4日舉辦盛大的開幕儀式。是日，除了本所長官與澎湖中心同仁們共襄盛會外，澎湖縣賴峰偉縣長、澎湖中心蔡萬生前主任兼創館館長、澎湖中心林金榮前主任等貴賓亦親臨現場道賀，另外，俄羅斯國家科學院海洋研究所遠東支部所屬之海參崴濱海水族館長Sergei Evgenievich Loginov博士夫婦率領資深研究員Dimitrii Pitruk博士，Merezhkin Oleg博士等一行人，遠自海參崴前來見證澎湖水族館再展風華的重要時刻，並由其與張文炳館長代表海參崴濱海水族館與澎湖水族館簽署合作備忘錄（MOU），建立互惠合作的關係。
本所陳君如所長於致辭時特別感謝澎博公司林佩慧董事長與楊三品總經理領導的經營團對於澎湖水族館付出的心力，並期許澎湖水族館能夠繼續發揮寓教於樂的社教功能，讓每一個入館參觀的人在驚艷、興奮之餘，也能經歷一場水族知識的饗宴。蔡前館長語重心長的表示，他經歷了澎湖水族館由盛轉衰的過程，此次重新開幕，似乎又讓他回到20年前初開館時的心情，期待經營團隊能發揮澎湖水族館小而美的特點，繼續讓它發光發熱，引領澎湖觀光產業的發展。Loginov博士則表示，俄羅斯地處溫帶及寒帶，對熱帶及亞熱帶海洋生態研究領域比較陌生，相關的專家也不多，非常需要這方面的合作，而且他們對於本所在水產繁養殖技術方面的成就早有所聞，因此接獲林董事長邀請後，即向上呈報並獲准與澎湖水族館簽署MOU，藉以促進兩館及與本所間的交流與合作，同時表示每年將提供數個名額給兩館的年輕專業人員，以加強雙方的技術交流與經驗分享。林董事長強調，澎湖水族館從簽約到完成，前後長達2年，期間投入大量的人力物力重新打造，相信嶄新的澎湖水族館，不僅能讓民眾對澎湖豐富的海洋生態有更為深入的瞭解，也能帶動澎湖觀光產業蓬勃發展。
澎湖著名的國際海上花火節於4月18日展開，活動一直持續到6月27目，遊客們觀賞美麗的花火之外，千萬記得拜訪澎湖水族館，一窺展館中各種引人入勝的水族生物，深入體驗多樣化的海洋風情。