文蛤 (Meretrix lusoria) 又稱蛤蜊，隸屬於軟體動物門、雙殼綱、簾蛤目、簾蛤科、文蛤屬，為臺灣主要養殖貝類之一，產量僅次於牡蠣。文蛤原分布於太平島沿岸，生長在潮間帶和淺海沙質海底與砂泥底等，能用強而有力的斧足進行潛砂，並伸出入水管及出水管進行濾食攝餌；外殼特徵為前端短圓但後端呈三角狀，殼皮以黃褐色為主，也有深灰色、深褐色、米黃色、白色等不同顏色，殼內面為瓷白色，鉸齒十分堅硬。
文蛤為廣鹽、廣溫性貝類，對溫度及鹽度的適應力強，然若溫度或鹽度反覆變化，則可能導致死亡。臺灣自1969年起，每當季節變化時會發生養殖文蛤死亡現象，早期是在3、6、9月時因季節交替而造成死亡；但近年來非季節性的死亡案例頻傳，推測可能原因造成死亡的可能原因可能有高溫、強降雨、疾病、污染、優養化及細菌感染等，但目前對文蛤細菌感染之相關研究大多於感染死亡後進行，對水生動物健康尚未染病時的體內細菌組成並無太多了解。
本研究為瞭解野生健康文蛤個體之腸道菌種類，將採集自金門的野生文蛤腸道打碎離心後，將上清液放入含有海洋培養基的培養皿中進行培養以究明其腸內的共生菌。萃取所培養之36個菌落樣本的核酸，並以16S核酸片段放大之PCR及電泳檢測確認後進行DNA定序，再依照定序結果運用NCBI之BLASTn方式分析共生菌種類；另進行5個嘉義東石養殖文蛤腸道菌菌落樣本實驗，作為比較參考。
本次調查之金門野生文蛤腸道菌屬種類與所佔比例如圖所示，其中以佔了66%的交替假單胞菌屬 (Pseudoalteromonas sp.) 的種類最多。該屬細菌為革蘭氏陰性菌，目前共有30多種细菌，皆來自於海洋，有些種類可產生色素，有些可分泌抗細菌和抗病毒等生物活性物質。至於5個東石的養殖文蛤腸道菌菌落樣本，所檢測出的菌種則含副球菌屬 (Paracoccus sp.) 2樣本、芽胞桿菌屬(Bacillus sp.) 2樣本及魯杰氏菌屬(Ruegeria sp.) 1樣本。
因不同細菌對於海洋培養基生長適性不同，前述結果不能直接推測各種細菌於腸道菌相之比例，但此次基礎細菌培養之並未看到弧菌屬(於金門野生族群僅佔3%)等可能致病之細菌大量出現之情形，於解剖文蛤個體取樣時亦未發現文蛤有感染徵兆，未來希望能累積更多文蛤腸道菌序列資料後，運用相關資訊進行腸道菌種類與文蛤健康度之比較探討。
本次調查之金門野生文蛤腸道菌屬種類與所佔比例