簡單序列重複（simple sequence repeat, SSR）又稱為微衛星序列，是指1至數個核苷酸為單位，以連續重複數次的形式，存在於生物基因中的片段；這種片段在生物基因中相當的廣泛，所以可以利用作為分子標記。抽取受試生物的體基因（genome），以SSR設計的引子（primer）進行聚合酶鏈鎖反應（polymerase chain reaction, PCR），會擴增出許多分子量大小不一的產物；利用膠電泳法（gel electrophoresis）可以依分子量大小來分離這些產物，這些分離後的產物會因不同的個體而呈現獨特性（如下圖）。取決於目的不同，利用PCR產物的獨特性，可以作為鑑定或是選擇特定性狀的工具，應用於分子輔助育種或親緣鑑定等技術。
不同樣本經SSR擴增後進行膠電泳後之結果
以水產動物為例，一般會想要具有高成長、高抗病、抗低溫及滲透壓變化耐性等性狀，通常這些重要的性狀不會只由單獨或少數的基因座控制，而是由一群基因座所控制，稱為數量性狀基因座（quantitative trait locus, QTL），由QTL控制了生物的數量性狀。一般傳統的選育種必須將養殖物養成後，然後依其表現出來的性狀來選種及進行育種，曠時且費力；而且還需考慮到天候環境的變化對養殖物性狀產生的交感作用，使得育種之路更加困難。近來發展快速的分子標記輔助育種，可以在已知QTL的條件下，利用特定的引子，以PCR擴增產物來確認養殖物是否為我們想要選育的對象來決定棄留，大大降低了選育種所耗費的成本。
將SSR及QTL分析應用於魚類選育種上，先決定魚類的目標性狀（以成長為例）後，找出成長最快及最慢兩種表現極端的個體來進行雜交，子代依其成長表現予以評分。抽取親代及子代DNA進行SSR的擴增，並比對分析擴增出來的產物和成長評分之間的關聯性，當擴增產物和評分數值的極端值具有相關性，就可以藉此找到和成長相關的QTL。將相關概念簡化如下表，PA及PB為親代，具有兩種極端表現型（成長極快及成長極慢）的評分（phenotype score），所產生的子代FA至FD中，出現成長快、成長普通及成長慢的個體。以#2基因座為例，PA及FA均有高評分（高成長性）且呈現陽性反應，PB及FD為低評分（低成長性）而呈現陰性反應，如果樣本數量增加，且均有同樣的現象，那#2為QTL的機率就越高。而QTL不會只有一個，找出越多QTL就可以越精準的進行選種及育種。此外，再將目標QTL的引子重新設計以加強專一性，便可以此作為日後選種及育種的依據，節省許多人力物力等不必要的投入，達到縮短育種時程的目標。QTL的分析已經應用在許多作物的選育中，包含小麥（Prasad et al, 2003）、大豆（Csanadi et al, 2001）及玉米（Park et al, 2013）等。未來如果能將這種方法加以改良並應用，將可更有效率的進行魚類的育種。
