2020年7月31日本所澎湖中心青灣碼頭邊，出現海水顏色呈黃色、雲霧狀之情況，疑似產生赤潮 (red tide)。當時氣候型態為艷陽高照且悶熱，為了解影響狀態及進行相關預防措施，當下即進行採樣並鏡檢觀察，結果發現，水體內含大量的甲藻 (Coolia montis)，且活動力旺盛。隔日再次進行採樣，此時天候型態則為多雲陰涼且有風，海水顏色正常，而採樣的水體顏色則呈透明帶點淺黃色，經鏡檢後仍可發現甲藻的蹤跡，但數量方面則明顯減少。
甲藻具有葉綠素a、c、β胡蘿蔔素和葉黃素，細胞呈現黃綠色或金黃色。細胞壁由纖維素或黏狀物質所構成。具兩條鞭毛，等長或略不等長，為運動胞器，一條環繞著橫溝，另一條由縱溝延伸至後體，因此甲藻又被稱為雙鞭毛蟲。甲藻廣泛分佈於海洋及淡水中，是小型海洋浮游動物的餌料，其產量可作為海洋生產力的指標之一，但有些種類過度繁殖則易形成赤潮。赤潮是海水變色的一種自然現象，由某些微小赤潮生物大量繁殖而導致水體中密度增高所引起，能引發赤潮的甲藻約有20多種，其中以夜光藻 (Noctiluca scintillans)、裸甲藻 (Gymnodinium coeruleum) 和膝溝藻 (Gonyaulax verior) 最為常見，赤潮發生時，海水的顏色會因赤潮生物種類不同有所差異，例如：夜光藻會呈現桃紅色，其餘甲藻類則呈現褐色或黃色。通常赤潮會出現於悶熱、風平浪靜的夏季，加上海水的化學因子發生變化，像是大量的家庭汙水排放，使得營養鹽含量驟升，也會是赤潮生物大量繁殖的原因之一。
赤潮對漁業的危害大，隨著引發赤潮的生物種類不同，所產生的危害程度和方式也有差異，大致上可分為兩類：第一類是使海水缺氧，或使呼吸器官發生堵塞，妨礙呼吸導致生物死亡。第二類為某些甲藻分泌毒素毒害生物，在這方面就有不同的情況，包括 (1)赤潮生物在海水中釋放毒素，使魚蝦貝類大量死亡；(2)赤潮生物死亡後產生毒素；(3)有些膝溝藻，如Goniaulax famerensis分泌的毒素並不會引起海中生物的大量死亡，但會累積於貝類體內，當人類或其他動物吃下，就會受到麻痺中毒更甚至死亡。為避免上述情形發生，建議可透過控制海域優營養化程度 (如管制動物養殖)、以人工方式改善水體與底質環境(如推動大型海藻養殖或翻耕海底)及控制有毒赤潮生物外來種類的引入，藉以預防赤潮發生後產生相關之危害。
海水呈黃色、雲霧狀之情況，疑似產生赤潮
顯微鏡下的甲藻 (Coolia montis) 形態