海鱺成長相當快速，已成為台灣箱網養殖產業的主要魚種。惟近年來，陸續發生易感染疾病、早熟、成長遲緩及畸形率增加等問題，影響產業發展甚鉅。為解決這些問題，農委會水產試驗所近年來積極投入海鱺育種研發。最近研究人員已成功篩選出優質種魚，可大幅改善魚苗品質。
由於2年齡海鱺即具有繁殖能力，在經過數代近親繁衍後而造成的現象。通常在人工養殖的魚種中，常因繁殖場成本的考慮及設施的限制，僅能保存有限的種魚數目來繁殖，將導致近親化的現象，降低養殖魚種的基因歧異度，子代出現成長遲滯、生殖力衰退、畸形率增加、易罹患疾病、早熟等結果。
本會水產試驗所東港生技研究中心從天然海域中捕捉野生海鱺，移入水試所陸上池塘中馴養，進行繁殖育種試驗，篩選抗病性強及成長迅速的海鱺子代作為種魚，藉以改善種魚的品質，並對培育出的海鱺仔魚進行多項測試。結果顯示，野生海鱺繁殖之仔魚，其畸形率僅為5.67% ，較近親化仔魚降低許多(17.67%)。飼料效率及對發光菌抗病力表現上，也優於近親化仔魚。上述結果顯示，經野生海鱺交配繁殖的仔魚，具明顯的成長優勢，顯示海鱺育種選育是可行的。未來本所仍會持續進行海鱺選種、育種及保種的研究，促進海鱺箱網養殖產業發展。