分子遺傳育種技術係利用分子標識協助傳統育種技術，以防止近親交配導致品種劣化，並追蹤重要形質如成長、抗病等的遺傳特性，以引導不同族群間雜交的進行。由於所育成的品種並非基因改造種，故在國際間日益受到重視。本所目前在進行國家水產生物種原庫的籌建工作，有關分子遺傳育種的技術發展應是未來營運成敗的關鍵之一。另一方面，台灣九孔養殖面臨困境，種苗生產的失敗疑與近親交配有關。為此，本所在「九十二年度國際農業科技合作計畫-8.技術指導」計畫項下，特別邀請日本國立養殖研究所分子遺傳育種專家 原素之博士 (Dr. Motoyuki Hara) 訪台介紹日本分子遺傳育種的技術發展。本文特摘述其重點，相信Dr. Hara的演講及與國內相關研究人員的技術交流，必然有助於國內分子遺傳育種的技術發展及九孔養殖面臨困境的解決。