1998年1月14日，本所召開「水產生物種原庫計畫研議委員會」第一次會議：決議以鹿港分所為種原庫之主庫，另於台南及東港分所設立支庫；隨後委託台灣漁業及海洋技術顧問社於1998年6月底前完成「設置水產生物種原庫規劃報告書」；2000年1月27日，本所召開「研商修正水試所中長程建設計畫」會議決定基於「分擔風險」之理念，對種原庫規劃內容進行修正，即除了原有的二個支庫外，另增加台東及澎湖支庫；2000年6月28日，行政院核定本所籌建國家水產生物種原庫；2001年8月21日，本所委託台灣漁業及海洋技術顧問社執行「種原庫新建工程委託規劃」；2002年，該社完成全案五庫之規劃作業；同年10月，本所開始進行案內東港、台南、鹿港及澎湖等四支庫之設計、監造徵選作業，結果由喻台生建築師事務所得標，並於2003年1月提出上述四庫新建工程之初步設計，同年5月完成細部設計。其後依相關規定提送行政院公共工程委員會審查在案；嗣因行政院來函要求排定各庫籌建之優先順序及檢討調整計畫規模，經本所檢討調整報院，奉行政院2003年9月8日核示：「所報有關排定各庫籌建之優先順序及檢討調整計畫規模等節，原則同意」。其後本所依各相關機關意見修正計畫書，再於2003年11月25日重新報核，行政院於同年12月15日准予核定提報之修正計畫書。修正後之種原庫工程計畫調整為兩階段實施，第一階段計畫時程自2001－2005年，僅新建「澎湖」及「鹿港」兩支庫；另兩支庫 (台東、東港) 則列為第二階段。至此行政作業程序告一段落，「澎湖海洋生物研究中心種原庫新建工程」於焉進入興建階段。