1994年，相關水產學術界包括中央研究院動物研究所、台灣大學動物系、海洋大學海洋生物研究所與本所，有鑑於台灣本土性魚類因環境污染而日益枯竭、養殖魚種因近親雜交以及外來魚種的入侵而品系混亂等問題，乃有種原保存的共識與興建種原庫的計畫。但水產生物係生存在水體之中，種類之歧異度高且相關保種技術未臻發達，使得建立水產生物種原庫的工作較其他農、林、畜產業及菌種等為晚且困難度高。因此，經過學者專家的研商並考量水產試驗所在水產生物的繁、養殖研究與設備上已有良好而穩固的基礎，乃決議由本所籌建「水產生物種原庫」。