本所自1976年開始進行種鰻標識放流，迄今已有32年，早年主要以人工催熟種鰻放流於大洋為主。2005年本所邀集相關學者專家協商，決議將過去的海洋放流改為河川放流，利用天然水體培育種鰻。因此，如何追蹤回收放流鰻，也是研究上的一大工作。