標識放流技術早期應用在泳速較慢的魚類生物上。近年來，由於鰹、鮪、旗魚等高度洄游性魚類之分布往往跨越整個洋區或各大洋南北半球，其資源利用及相關研究備受國際間的重視與關注；爲進一步解明此等高度洄游性魚類之生物學資料，加上回收及衛星追蹤技術不斷提昇與改良，標識放流開始廣泛應用於其洄游路徑及系群判別。本所針對雨傘旗魚及黃鰭鮪積極進行相關的研究。