澎湖內灣海域是指位在馬公、白沙及西嶼三大島中間的海域，其面積約為60 km2，係一良好的魚介類生棲場所，也是沿近海漁船出入頻繁之處。有關此海域的調查研究甚多，但主要以海洋及生態環境調查為主 (蔡及胡，1986、張等，1993)，包括浮游動物、仔稚魚、海流、水質、海藻、經濟性魚類、礁岩魚類、珊瑚、底棲無脊椎動物等；1986年則提出養殖區域的規劃 (蔡及胡，1986)，惟獨其漁業的利用狀況，一直未有較詳實之調查。近年來漁業資源枯竭，而內灣又為沿近海稚魚孵育及成長的場所 (胡，1986)，有識之士早就大力疾呼設置內灣保護區，以期能確保魚類之產卵、成長及棲息之安全，方能有助於沿近海漁業資源之恢復。為了充分了解澎湖內灣海域漁業資源之現況，進而研擬相關管理方案，澎湖縣政府特於2007年編列經費，委由本中心進行初步調查。本文除了敘述現階段漁業利用的現況，同時亦探討澎湖內灣海域目前使用最多的單層底刺網漁具作業對於漁業資源及環境之影響，並就調查研究結果，研提可據以執行之管理方案。