本所為保育重要水產生物的遺傳資源、維護遺傳歧異度，以利發展水產高科技產業、強化我國漁業及相關產業的國際競爭力，於2000年奉行政院核定籌建國家水產生物種原庫，並列入政府中長程公共建設計畫，2001年度起正式編列預算實施。於2005年完成國家水產生物種原庫鹿港、澎湖兩支庫，並於2007年起接續建置東港主庫及台東支庫。為提升本所國家水產種原庫種魚管理營運作業上的效率及精準性，本所於農委會「建構RFID與二維條碼於農產品安全追溯管理之策略研究及應用」之E化領域重點優先執行之科技計畫支持下，規劃於2008－2009年間，利用非接觸性無線電波傳送識別資料特性，研發種魚之RFID (Radio Frequency IDentification, 無線射頻識別系統)監測管理系統，以自動化辨識及資訊化的作業流程，結合RFID通信設備及資料庫管理軟體，建立種魚養殖生態習性觀測系統，以利研究者記錄及查詢使用，並逐步擴大推廣於民間種魚場及活魚產銷供應鏈之中。