農產品安全檢測試劑的開發，可以在病原尚未大量繁殖之前提早檢測、鑑定，防止疾病的擴散。其中，總生菌數傳統上作為一種衛生指標，可顯示水中、生鮮食品或其他環境樣品受污染的程度。樣品中總生菌數的含量若超過規定標準，則代表水源、液體或食品來源受到污染，或者在生產過程中的某個階段的衛生條件不合格。根據中華民國行政院衛生署公告的衛生標準，飲用水、自來水及食用冰塊的生菌數標準為100 CFU/ml；游泳池及溫泉用水的生菌數標準為500 CFU/ml；生鮮食品、生乳、及冰品溶解水的生菌數標準為100000 CFU/ml (g)。此外，養殖業者的進水水源，往往受到自家或附近業者的排放水污染，造成水產疫病的快速蔓延，水質總生菌數的自主檢測亦可作為養殖用水水源管理的重要參考。