動物界有數百萬種類，並歷經了數億年的演化，因此將動物界分類是個極具挑戰的工作。有鑑於此，如何利用更完備的實驗技術，結合形態描述及鑑定是急迫性需要的工作 (Godfray, 2002; Blaxter, 2003)。早期就認定DNA序列具有差異，但將其應用在種類的區分上，是否可直接利用DNA判別還是需間接透過蛋白質分析？40多年前，蛋白質電泳首先被用來鑑定種類 (Manwell and Baker, 1963)，直到大約30年以前，大部分的演化研究皆利用核蛋白體DNA (ribosomal DNA) 的基因序列進行分析 (Woese and Fox, 1977)，並且粒線體DNA在20世紀70年代後期和80年代運用於分子分類學研究 (Avise, 1994)。