台灣的溪流魚類種類繁多，其中不乏體型較大而且外型色澤較佳的魚種，除可食用外，亦很有觀賞價值。近年來，國人戶外休閒娛樂風氣盛行，紛紛進行各種野溪之旅，溪流魚類有被過度捕撈的情形，已嚴重影響到天然溪流魚類的資源生態。為保育本土溪流魚類，本所已針對重要的本土溪流魚類進行繁養殖技術及疾病預防的研發，已獲得令人鼓舞的成果。目前已建立有羅漢魚、苦花、溪哥、石魚賓、台灣鬥魚等種類的繁殖技術，而正在進行的則有何氏棘魚八。未來將再逐步建立大量種苗生產技術，屆時除可供應食用或觀賞用所需外，最重要的是可以生產適於放流的種苗，進而達到復育重要溪流魚類的目標。