本所為推廣海洋養殖產業，提升台灣加入WTO後，養殖產品的競爭力，自1994年開始，在小琉球海域推廣海上箱網養殖，目前有4家養殖場，約養殖50萬尾海鱺，具有各式的箱網約70組，因為日常均有投餵人工飼料，吸引不少魚種在箱網附近覓食，其中不乏經濟性的種類，如白毛、鸚哥及星臭都魚等高級魚類，漁民利用空閒的時間，在箱網養殖區附近垂釣，可增加額外的收入。箱網上及附近海域的岩礁，因營養鹽豐富，亦附著相當多可直接食用或可提煉藻膠的藻類，可製成洋菜膠等有益人體健康的藻類食品。箱網附近亦發現黑蝶貝的蹤跡，可作為生產珍珠的貝種。此外，箱網附近的海底岩礁表面，因滋生相當多的藻類，可作為馬糞海膽的餌料，在餌料充足的環境下，馬糞海膽的數量亦明顯增加，馬糞海膽的卵巢具有特殊的風味，在日本有很大的消費市場，為具有開發潛力的項目之一。箱網養殖區，以海鱺養殖為主要項目，但因提供週遭環境豐富的營養鹽，使附近海域的水生物種類更為豐富，並形成食物鏈。如能開發利用其中具有經濟性的種類，將來可能成為箱網養殖的相關附屬產業，以促進地方的經濟發展，提高就業率，造福漁民，達到深耕海洋的目標。