澎湖縣政府自2002年起，積極從事海洋牧場的軟硬體建設，並委託本所進行長期實地評估。依據調查結果發現，海洋牧場海域的漁業資源已逐漸回升，漁民朋友已從中獲得實值收益。澎湖縣政府在內垵北港以及大菓葉等二個地點設置海洋牧場，積極進行人工漁礁及軍艦礁的投放，並在淺水域設置藻礁及放流魚貝苗。經本所調查發現，海洋牧場海域已有高經濟性水產生物出現，如：紅魽鰺 (俗稱：竹午)、浪人鰺 (俗稱：牛港格)、龍占 (俗稱：龍尖)、邵氏寒鯛 (俗稱：石勞)、嘉臘、黃錫鯛 (俗稱：板頭)、黃鰆鯛 (俗稱：赤翅)、細鱗石鱸 (俗稱：佳志)、玳瑁石斑 (俗稱：花格仔)、鑽嘴 (俗稱：岸米)、單斑笛鯛 (俗稱：黑點仔)、紅星梭子蟹 (俗稱：三目蟹)、象牙鳳螺、銀塔鐘螺、馬糞海膽等。漁民出海作業多獲得實際的收益，顯示該海洋牧場的設置已有初步的成效。本所未來除了針對海洋牧場的現有設施做長期環境及資源量監測外，也將針對固有經濟漁業種類進行種苗放流復育工作，並將結合本所發展的人工浮漁礁設置經驗，使漁場形成多度空間的利用，以充分發揮該海域的機能；海洋牧場所孳養生息的物種有遷移、散布時，會產生所謂「滿溢效應」，而把漁業資源挹注至鄰近海域，將更有助於澎湖海域整體漁業資源之回復。海洋牧場所代表的永續型漁業有別於以往擷取型漁業，透過適合漁業生物生長的地點選定、配合相關護漁及復育設施的設置、引入社區參與的觀念與實做、輔導休閒遊憩漁業之轉型，期望透過此種生態友善同時兼顧社區經濟的方式，有助於達成水產資源永續利用的目標。