典藏標本為從事基礎分類、生態、演化、地理分布、保育或資源永續利用等學術性研究的重要素材，且在生物多樣性的研究工作中，分類為最重要的課題。分類的研究，必須經常檢視或比對前人採集或鑑定的標本，由重新整理、記錄、描述中，或許可發現新種，因此過去報告中，使用的標本皆必須有系統的典藏嚴格的管理與維護，尤其被命名為新種的模式標本，更為殊勝。本所自1929年11月創設以來，即進行魚類研究與標本的蒐集，迄今已有76年的歷史，標本來源主要係在執行海洋漁業試驗調查計畫時捕獲，淡水魚類則以調查河川魚類分布時採集，或進行人工繁養殖引進，也有來自二次戰後移交的標本 (約250種)，部分為漁會或民間漁船的捐贈，目前已累計2,500瓶以上，由於標本數量及資料的累積，故典藏標本的目錄與數位化的整理已課不容緩，經由網站的建立，有效的提供全球各地分類學者查詢、借閱標本與資訊的交換。