生物分類學家為究明物種或物種以上 (高階) 的分類單元之間的相互進化關係，在理論與實務上逐漸發展出三大生物系統學派 (Biosystematics)。首先，根據達爾文的物種起源理論 (即共同後裔的分類觀念) 重建生物自然史的標準，形成進化系統學 (Evolutionary systematics)，又稱為傳統分類學或常規分類學。第二個學派係以1950年代之美國昆蟲學家Michener等為首，以數值分類的經驗與方法為基礎所發展的數值分類學 (Numerical taxonomy)，亦稱為表型分類學 (Phenetics)。1966年，德國昆蟲學家Hennig率先提出親緣關係系統學 (Phylogenetic systematics) 的研究概念，主要是藉由共同衍生形質的特徵 (共衍徵，synapomorph) 來重建與共同祖先的關係，並在共同祖先的架構上將分類單元歸類 (grouping)，以建立親緣關係樹 (phylogenetic tree)。這對系統分類學日後的研究本質與演進，有相當深遠的影響。