水生生物棲息於水中，會受水質的影響，但相對的，生物的作用當然也會改變水質，因此水生生物與棲息水域的水質是互相影響的。目前水產養殖業者常會使用益生菌來改善池水水質，但也應注意到水質也會影響益生菌的作用，因此必須要先提供益生菌作用所需要的水質條件，方能使益生菌發揮其功能。