吳郭魚在天然環境下很容易雜交繁殖，雜交子代也能代代相傳，因此純種之取得越來越困難。產業上，常用雜交方式 (♀尼羅吳郭魚 × ♂歐利亞吳郭魚) 來取得單雄性種苗，目前坊間業者是以人工方式挑選種魚，此方法僅以外觀與經驗作為判斷依據，然而依此選出的種魚純度，不得不讓人產生疑慮。所以，屢屢接獲養殖業者反應坊間雜交單雄性苗之雄性比率有逐年下降之趨勢，無法達到真正單雄性養殖之目的，影響產量與收益。