人類基因體解碼之後，加上微陣列 (microarray) 技術的發展，使得轉錄體學 (transcriptomics) 分析成為可行的研究題材。過去基因 (mRNA) 的表現，可藉由微陣列技術與即時定量PCR (quantitative real-time PCR) 加以分析。前者比較不靈敏，而後者雖具有高靈敏度，但價格昂貴且無法適用全基因體層次的基因表現分析。DNA定序一直是分子生物學研究中最主要工作平台之一。自從次世代定序 (next generation sequencing, NGS) 技術建立以來，已經提供高通量的基因表現研究、基因體的註解與非編碼RNA (non-coding RNA) 的發現。這種快速大量的定序技術，使得過去費時15年，耗費27億美元的人類基因體計畫，在今日只需8天和10萬美元的花費便可完成。在NGS技術中，重要的核心原理是使用合成定序的概念SBS (sequencing-by- synthesis)，利用次世代定序技術進行RNA的定序，都可稱作RNA-Seq，近年來會特別只對mRNA的定序為RNA-Seq。最近，RNA-seq已經發展成轉錄體定量的重要系統，不同的生技大廠也以不同的定序原理，設計出各具特色的NGS定序機台。