水產養殖業為厄瓜多賺取了大量的外匯，其佼佼者莫如當地的養蝦業，此外尚有外來種的外銷養殖魚種，比如在安第列斯山區的鱒魚養殖，以及在海岸區域或亞馬遜河流域的吳郭魚養殖。然而有一些本土種類，如Guayas盆地的溪寶麗魚 (Aequidens rivulatus)、青麗體魚 (Cichlasoma festae)、披肩象齒脂鯉 (Ichthyoelephas humeralis)、小齒石脂鯉 (Brycon dentex) 及東部區域的其他魚種都具有養殖的潛力，均未被推廣養殖。此外，由於外來物種如吳郭魚、澳洲龍蝦等種類的引進，因其繁衍快速及食物競爭力的影響，使得一些本土物種瀕臨消失，比如在Los Rios省一種能在淡水域繁殖的側葉脂塘鱧亞種已完全消失，在Guayas盆地的河川許多種類也有相同的情況。有鑑於此，本土性魚類養殖在厄國已逐漸為人們所重視，其意義一方面能開發新興養殖魚種，藉以增加農戶收入、改善農村生活，一方面亦可確保當地原生物種之永續發展。