從1958年「公海公約」的公海捕魚自由的理念到1982年聯合國海洋法公約通過並於1994年正式生效為止，國際對公海捕魚自由的觀念有很大的轉變。「公海捕魚」須由相關沿海國以及「區域性漁業管理組織」的同意下才能捕撈。因此本所海洋漁業相關研究重點於1990年前後隨遠洋漁業環境改變而調整。早期沿近海資源調查項目重點以探勘漁業資源為主。1987年後漁業資源研究出現烏魚以外物種的生態、生殖及行為研究。沿岸海域的水文、基礎生產力及物種別棲息環境調查始於1986年。早期漁具漁法研究以增加漁具或漁法效率的改良研究為重點，1989年後轉為人工漁礁設置地點的評估或漁場形成機制的研究上。1990年以後，隨著個人電腦的普及，資料庫建置逐漸成為水試所重要研究項目之一。自1989年本所接收臺灣周邊海域衛星海面水溫影像資料，提供沿近海漁場資訊，成為該系列衛星專業化、自動化接收和紅外線處理的研究機構。由此可知，本所海洋漁業研究重點從早期的遠洋漁場開發轉為沿近海漁場造成，而近年重視沿近海重要漁業資源評估、生態調查及保育研究上。