文蛤養殖包括曬池、添加基肥及養成等過程。養殖池收成後，先將池水排乾，使底土曝露在空氣中乾燥及氧化，再以推土機整平池底後添加基肥，每公頃施撒茶粕及豆粉500－1,500 kg左右作為底肥，同時兼具毒殺池中螺類與雜魚蝦之作用。利用曳引機施撒後，再注入海水讓茶粕與豆粉發酵，俟發酵後之肥水滲入池底後再度排乾池水，待池底乾燥龜裂後，再以耕耘機翻鬆表層土繼續曝曬，然後注水準備放苗。但這些只是憑經驗的作法沒有經過量化去計算乾燥的效果及池底曝露在空氣中所需的時間。
另外在文蛤養殖期間大都憑經驗以目測水色來投飼，容易因為超量投餌導致池底有機物堆積，底層因缺氧而形成還原態。在養殖過程中，池底狀況對文蛤非常重要，因為它們棲息在底土，底質惡化會影響文蛤成長或生存。池底狀態會隨時間而改變，也會被有機殘留物如死亡藻類、糞便和殘餌等的累積所影響，導致高耗氧及發展成還原態。在此環境下，厭氧分解的產物如氨、硫化氫、甲烷及有機酸，都會危害養殖生物，尤其是與底土相依的底棲生物如蝦、蟹及貝類等受到的影響最為直接，因此如何有效監測底質來控制投餌量，減少有機物的累積及避免產生還原產物是非常重要的。