水產生物的遺傳育種主要可分為傳統的選擇育種與新興的分子育種。傳統育種通常是選擇特定的幾個性狀來進行下個世代的繁殖研究，這種方法或許能循序漸進的改善目標性狀，但多半會遭遇停滯不前或遺傳不穩定等問題，逐漸形成不易突破的瓶頸。因此，分子育種是改進傳統育種的一個辦法。簡單來說，一般所認知的分子育種，是依據基因決定性狀的原理，經過各種試驗的證實後，再應用於品種的改良。但實際上，分子育種可能需要使用相當多的生物技術方法，包括各種遺傳標誌的篩選或遺傳圖譜等之建立，都需要龐大的研究資源，近年來由於基因體定序技術越來越發達，例如次世代定序 (Next Generation Sequencing) 等方法之開發，加快了人類對各種基因的認識，該技術的準確度佳，雖然該技術目前仍需相當的經費與長時間的拼接分析，但全基因體定序可間接加速遺傳育種工作之進行，是幾乎不可或缺的重要工具。