浮游生物是食物鏈的基礎，可直接或間接作為棲息於海洋的大部分動物的食物。植物性浮游生物扮演基礎生產者的角色，當海域環境受到人為或天然因素影響而改變時，植物性浮游生物之種類組成及數量亦會產生明顯變化，連帶的整個生態系也會受到影響而產生變化 (黃等，2000)。動物性浮游生物則在海域生態基礎環節的能量傳遞或物質循環上，扮演極為重要的角色，並直接或間接影響植物性浮游生物之組成及分布 (黃等，2000)。
有關澎湖海域動物性浮游生物的相關研究，除蔡等 (1987) 針對澎湖外圍沿岸海域之調查外，目前尚少有動物性浮游生物群聚之研究。澎湖沿近海域在海洋生物孕育後代及攝食均扮演了相當重要的角色，因此無論是探討各種漁業之變動機制、漁業資源管理，或監控整體生態系之改變，均有必要對本海域海洋生物幼稚時期之食物－「動物性浮游生物」的分布與密度及其變動特性等進行較為詳盡之資料收集與分析。本研究記錄不同地點、時間之浮游生物組成及各項環境相關因子，利用歧異度指標、均勻度指標、相似度分析、群聚分析、空間排序等方法探討其種類組成及群聚結構特性，並建立相關資料庫，以作為未來該海域生態管理之基礎資料。