鮪魚為高經濟價值的大洋性海水魚類，是製作高級生魚片的主要材料。近年來本所在台灣西南沿海域投放中層人工浮魚礁，聚集為數不少的鮪類幼魚在附近覓食，估計每年約可捕獲數萬尾體重約1 kg左右的鮪類幼魚，其中90%為黃鰭鮪。本所研究人員正積極協助業者開發活魚捕撈、運輸的技術，將野生鮪魚幼魚運回小琉球及車城沿岸海域的箱網養殖區進行養殖。這些養殖的鮪魚，因食物充足，肌肉中油脂的含量高，是作為生魚片的上等材料。估計每尾體重1 kg的幼魚之成本約需100元，養殖2－3年可達20－30 kg的上市體型，價值約1萬元，可創造100倍的產值。本所自2003年起與業者進行產學合作計畫，未來隨著鮪魚養殖的開發，由漁撈業者垂釣幼魚供應箱網養殖業者，不但可增加漁撈業者的收益，並能建立漁撈業者與箱網養殖業者間的互利關係。此外，藉由鮪魚養殖技術的開發，可提升我國養殖的技術水平，增強產業的競爭力，開啟海洋養殖的新領域，並將更能有效地利用台灣沿岸廣闊海域、落實海洋立國的根基。隨著經濟景氣復甦，市場對高級魚種的消費需求將增加，本產業極具發展潛力。此外，我國為鮪漁業大國，保育鮪資源為刻不容緩的工作。將來確立鮪類的人工繁養殖技術後，除可大量生產魚苗供箱網養殖使用外，亦可實施人工放流、培育資源，善盡我國保育鮪類資源的國際責任。