澎湖水族館從1998年元月20日起預展一個月及4月4日起正式開館至12月止，總計參觀人次已超過40萬人次。由於地處澎湖，在經營管理上有明顯的淡旺季之分（4月至9月為觀光旺季），單月最多參觀人次為七月份，計73,569人次；而單日最多參觀人次為9,688人次(1月31日，年初三)，最少參觀人次為48人次(10月15日，因瑞伯颱風下午3時停止上班)，日平均參觀人次為1,400人次。就每日參觀人次與周休二日對本館之影響調查發現，以周四參觀人次為最少，平均為884人次，因此，明(1999)年每周休館日改訂於周四為宜；非周休二日平均參觀人次為1,694人次；而周休二日平均參觀人次為2,393人次，顯示在周休二日國人多有安排休閒旅遊活動之現象。在遊客問卷調查中，認為水族館門票「便宜」與「普通」者佔80.9%；對水族館參觀路線與解說板設計「滿意」者達66.7%；認為水族館生物量「足夠」與「普通」者佔67.3%；最希望本館增加之生物為鯨魚、海豚與企鵝；有意願加入水族館志工服務者達44.5%；認為水族館應設「家庭卡」或「個人卡」者佔70.3%。根據上述統計資料，可做為明年本館努力改善的指標。