本分所為配合西部海埔地水產養殖之發展，自民國73年度起 以臨時編組方式，成立工作站，進行臺西海埔地水產養殖試驗。民國 76年元月 1日以臺西水產養殖中心名稱奉准成立，民國79年元月 1日 改制為臺西分所。