東港分所原係美國洛克斐勒基金會, 為協助發展台灣海產魚、蝦類養殖, 委託前農復會所籌設。民國 57年 7月聘請廖一久博士（現任台灣省水產試驗所所長）回國主持,9 月於現址開始鳩工興建, 58年10月完成第一研究大樓及部份飼育池, 並暫稱『東港海產種苗繁殖中心』, 隸屬於台灣省水產試驗所台南分 所。而後於60年 1月正式易名為『台灣省水產試驗所東港分所』, 並 於65年至69年, 在台灣省政府的專款補助下, 完成第二研究大樓等重 要工程。