民國39年台灣省水產試驗所改隸屬農林廳後，即在高雄市鼓山區 哨船頭街成立本分所，從事南部地區各項漁業加工試驗及沿、近海漁 場調查。為配合前鎮漁港之建港及加強為漁民服務，乃於民國65年遷 於前鎮區漁港旁的現址。73年再將原水產加工試驗業務併入總所加工 系，而分所之研究方向改以海洋漁業、漁業生物、漁業經濟調查等為 主，以配合高雄市遠洋漁業發展之需。爾後再因當地業界之要求，於 78年恢復水產加工之試驗業務，期為業界解決問題。