鹿港分所創立於民國19年 (1930年) 8月，當時隸屬日據時代台 中州內務部，民國20年改為台中州立水產試驗場。台灣光復後，更名 為台中縣立水產試驗場。民國36年 8月納入台中縣農林總場之水產分 場，39年11月實施地方自治，縮小縣制，乃改組為台灣省台中縣農林 改良場水產分場。民國41年 5月正式易名為臺灣省水產試驗所鹿港分 所，隸屬臺灣省水產試驗所。民國50年於台中縣和平鄉橫貫公路─馬 陵段，設立馬陵養鱒場。民國73年於台中縣武陵農場七家灣溪旁設立 櫻花鉤吻鮭復育中心。此外為加強服務業者，民國74年、78年又分別 設立中區魚病防治中心暨藥物殘留檢驗服務中心。