早年對於水產動物消化系統的的研究多偏向形態構造或生理機制，例如食道、胃、小腸、幽門垂等的細胞、組織及其構造，或是該等器官的分泌消化酵素種類及其功能的研究。柒零年代中期開始有學者著手研究有關魚類及蝦類體內的細菌數量及種類，目的在於魚體的保鮮，換言之，研究的目的與食品衛生有關。同時也有部份學者開始研究某些腸道內細菌的特殊功能，如消化幾丁質的細菌。之後，在70 年代末期及80 年代間，研究者發現，細菌在水產動物的腸道中扮演了極為重要的角色，這些細菌被認為與消化吸收、甚至與成長都有密切的關係。在此之同時，因為水產養殖事業的開始蓬勃發展，養殖技術不斷的更新，如集約式養殖及人工配合飼料的使用，導致魚病及蝦病不斷的發生，學者開始研究魚蝦類體內及環境中與病原性細菌彼此間的關係。這些水產動物體內的病原性細菌研究一直延續至今，此外，為了控制這些病原性細菌，學者們也開始了有關利用細菌控制病原性細菌的適當種類及控制方法等的相關研究。