| WSN 建構澎湖青灣棲地環境監測網 | 林志遠、蘇偉嘉、陳世欽、呂逸林、謝恆毅、蔡萬生 | 2009 |
| 九孔種貝免疫力之研究 | 許晉榮、劉君誠、柯進輝 | 2009 |
| 文蛤養殖技術改進及效益評估之研究 | 周昱翰、郭仁杰、林益州、葉信利 | 2009 |
| 水產中草藥之功效探討 | 黃培安、洪郁嵐、簡世勇、高淑雲、蔡儀冠、范繼中、林佩儒、蔡宜志、吳純衡 | 2009 |
| 水產生物種原庫營運與種原保存和利用之研究 | 白志年、黃世鈴、陳榮華、董聰彥、張湧泉、陳冠如、張素容、張格銓、黃瀛生、劉富光、城振誠、黃丁士、許鐘鋼、謝恆毅、鐘金水、呂逸林、林慧秋、蔡萬生 | 2009 |
| 水產合益菌粉研發及其應用 | 藍惠玲、陳文君、謝孟真、陳佩真、吳純衡 | 2009 |
| 水產種苗研究團隊－大蒜及洋蔥萃出液對魚鰓細胞增殖的影響 | 郭錦朱、陳智賢、黃鈺珊、陳紫媖 | 2009 |
| 水產種苗研究團隊－台灣紅色吳郭魚之育種研究 | 張湧泉、陳榮華、張格銓、張素容、劉富光 | 2009 |
| 水產種苗研究團隊－吳郭魚優質種苗生產技術之研發 | 張素容、陳榮華、張湧泉、張格銓、劉富光 | 2009 |
| 水產種苗研究團隊－建立水產養殖之生物防疫生產模式 | 鄭金華、任俊懿、楊明樺、林建宏、陳紫媖 | 2009 |
| 水產種苗研究團隊－原生動物的培養與探討 | 鄭新鴻、李彥宏、陳凰琴、林駿、劉世傑、陳紫媖 | 2009 |
| 水產種苗研究團隊－海鱺發光桿菌疫苗研發 | 郭錦朱、陳智賢、楊舜傑、黃鈺珊、陳紫媖 | 2009 |
| 水產種苗研究團隊－益生菌於水產養殖應用之研究 | 李佳芳、吳育甄、黃致中、謝淑珍、葉信利 | 2009 |
| 水產種苗研究團隊－豹鱠種魚培育及幼苗育成之研究 | 許鐘鋼、涂嘉猷、蘇勰忠、黃金峰、陳岳川、蔡萬生 | 2009 |
| 水產種苗研究團隊－高效能老虎斑飼料之研發 | 何碧月、周瑞良、鄭世榮、陳紫媖 | 2009 |
| 水產種苗研究團隊－龍膽石斑之中間育成飼料研發 | 吳豐成、陳麗靜、李素雲、葉信利 | 2009 |
| 水產種苗研究團隊－優質水產種苗石斑量產技術研發 | 葉信利、朱永桐、林峰右、張丁仁、梁貴龍 | 2009 |
| 水產種苗研究團隊－優質海鱺種魚培育與育種育 | 李彥宏、劉世傑、潘明燦、陳紫媖 | 2009 |
| 水產種苗研究團隊－應用微生物增強魚類對抗疾病能力之研究 | 黃世鈴、楊豐隆、劉富光 | 2009 |
| 水產種苗研究團隊－雞卵黃抗體應用於龍膽石斑種苗培育之研究 | 朱永桐、張丁仁、梁貴龍、葉信利 | 2009 |