近年來臺灣文蛤之養殖業者普遍遇到之養殖問題，為何池水清澈、pH正常、文蛤成長也不錯，但成長慢的文蛤比較不會死，反而越大的死的越快。在實地觀察，其死亡前的徵兆都會先爬出池底，或是吐出白濁類之液體，或有些是於底砂內直接大量開殼死亡。
潛沙、濾食是文蛤養殖之生理特性，營造良好水質環境以維持藻類與菌相平衡，以提供充足之食物來源及穩定的成長環境。近年來面對氣候變遷溫度升高和強降雨等驟變的氣候，影響養殖池與池底環境之緩衝與應變能力，考驗文蛤對環境緊迫之生理調適能力，其對後續生長、疾病之抵抗能力、繁殖週期與影響健康程度上，在在皆以直接或間接方式降低養殖文蛤之活存率與上市品質等，現實問題為直接衝擊養殖獲利空間。
綜合分析文蛤死亡情況可分為一般性及季節性 (延遲性死亡) 兩種，一般性死亡大多為管理不善所造成，如：藻色過濃、倒藻、夏季高溫來臨前之不當投餌造成底質惡化，有機物堆積於池底，在有氧的情況下，有機物會先行好氣性分解，由好氣性微生物將有機物完全氧化分解為無機營養鹽供藻類使用。然而當池底累積過量之有機物存在時，降低池底的溶氧，文蛤長期生存在池底低溶氧之環境下，會降低攝食率而導致成長受阻。在池底之厭氧狀況下，有機物之初級分解的產物為氨基酸和脂肪酸，其次為發酵細菌分解酸化產生氨、二氧化碳、硫化氫與甲烷生成等之有毒物質，導致文蛤體質變弱，易造成大量急性死亡或文蛤空漂，由於是池底系統性分解與代謝問題，通常死亡狀況皆較為急性與影響範圍較廣。