紅色吳郭魚育種目前面臨的問題是無法純系繁殖 (Breed true)，也就是說即使表現型為純紅 (Pure red) 的親代，其子代也是無法全部為純紅 (Wohlfarth, et al., 1990; Hussain, 1994; Garduño-Lugo et al., 2004)，難怪民間的紅色吳郭魚養殖仍需靠人力進行篩選。本中心有鑑於此，特別挑選台灣紅色吳郭魚 (Oreochromis sp.) 的幾個品系進行雜交試驗，期望能培育出較高純紅比例的優良品系。