1968年，台南地區發現桃紅色的莫三比克吳郭魚突變種，本中心前輩研究員郭河將其與成長體型較大的尼羅吳郭魚配對得到的雜交種，在國際上稱為台灣紅色吳郭魚 (Taiwanese red tilapia)。最初生產的魚苗有2種顏色，黑色魚苗數量約佔70%，而體表為紅色但有黑斑分布的魚苗約佔30%。歷經多位研究人員30餘年的選種及育種，體表為紅色的魚苗比率大為提升，且色彩較以前豔麗，黑斑也顯著減少，甚至已有少數純紅色魚苗出現。近年來的研究結果顯示，台灣紅色吳郭魚的色彩表現會隨魚體的成長而轉變，黑色素的表現亦會隨成長及環境的變化而不同，在選拔種魚時雖未發現黑色素，但在生產前後可能出現黑色斑點，產出的仔魚就會有部分魚苗具有黑色素。