臺灣目前主要的吳郭魚養殖品系為尼羅吳郭魚和歐利亞吳郭魚的雜交子代，係水產試驗所於1975年推廣成功。雜交品系有成長較慢之缺點，魚苗養成至1 kg的體型約需14－15個月，且取肉率僅31－32%，另外雄性比率約80－90%，表現也不盡理想，且多年來因近親衰退 (inbreeding depression) 及不同品系之間容易自然相互交配，要維持兩種良好的純種系統並不容易，以至在商業化養殖上受到極大的限制。